YTR.n toiminnan perustana on maaseutupoliittinen kokonaisohjelma. Nykyinen kokonaisohjelma Maaseutu ja hyvinvoiva Suomi on järjestyksessä viides, ja se on tehty vuosille 2009-2013.

Kokonaisohjelmassa on viisitoista strategista linjausta ja 146 toimenpideehdotusta, jotka muodostettiin laajan verkoston kanssa käytyjen neuvottelujen pohjalta.

Maaseutupoliittinen kokonaisohjelma keskittyy laajan maaseutupolitiikan kysymyksiin. Se on Suomessa käyttöön otettu menettely tuoda julkiseen keskusteluun vaikutuksia, joita keskushallinnon päätöksillä on maaseutuun.

Kokonaisohjelma on samalla Maaseutupolitiikan yhteistyöryhmän toimintaohjelma. Ohjelman toimenpiteet koskevat myös muita kuin valtionhallinnon toimijoita.