Maaseutupolitiikan yhteistyöryhmässä on noin kolmekymmentä jäsentä, ja se kokoontuu noin 6–7 kertaa vuodessa. Yhteistyöryhmän johtoryhmänä toimii maaseutupoliittinen ministerityöryhmä.

Yhteistyöryhmän asiat valmistelee YTR:n sihteeristö. Sihteeristössä työskentelee maaseutupolitiikkaan erikoistuneita virka- ja toimihenkilöitä eri ministeriöistä ja asiantuntijaorganisaatioista. Nämä noin 60 sihteeristön jäsentä toimivat yhteyshenkilöinä omissa organisaatioissaan ja vastaavat virkatyönä alansa asioiden valmistelusta, kun niitä nousee esille.

Sihteeristö valmistelee yhteistyöryhmälle menevät asiat. Sihteeristön jäsenet työskentelevät myös teemaryhmissä ja työryhmissä puheenjohtajina, sihteereinä tai jäseninä.

Maaseutupolitiikan yhteistyöryhmä voi lisäksi käyttää hankkeissaan ja muissa määräaikaisissa tehtävissä eri organisaatioiden asiantuntijoita. Se voi asettaa määräaikaisia ja poikkihallinnollisia teema- tai työryhmiä, joiden jäseniksi kutsutaan asiantuntijoita tai eri hallinnonalojen tai asiantuntijaorganisaatioiden työntekijöitä.

YTR on vaikuttanut myös eduskunnan maaseutuverkoston syntyyn ja hoitanut sen sihteeritehtäviä.